La longueur d'onde du laser est de 488 nm.
Par conséquent, toutes les fluorochromes utilisables doivent
- être excitable par cette longueur d'onde,
- avoir une fluorescence d'émission détectable avec les filtres disponibles.

Pour pouvoir utiliser simultanément deux fluorochromes ou plus, leurs spectres d'émission doivent se chevaucher le moins possible.

Lors du choix de fluorochromes pour une utilisation concomitante, il faut songer à associer le fluorochrome dont l'efficacité quantique est maximale au marqueur dont l'expression est relativement faible

Quelques fluorochromes utilisables (juste à titre d'exemple, ceci n'est pas une liste exhaustive)

FL1	fluorescein isothiocyanate	FITC
	2,7-dichlorofluorescein diacetate	DCFD
	carboxyfluorescein succinimidyl ester	CFSE
	green fluorescent protein	GFP
	dihydro-rhodamine	DHR
	Alexa 488 Fluo-4 Calcium Green SYBR Green
FL2	R-phycoerythrin	PE
	Alexa 532 EthD
	propidium iodide	PI
FL3	Spectral Red	SPRD
	Peridinin chlorophyll protein	PerCP
	quantum red	QR
	FuraRed CyChrome
	PE-Cyanin 5 tandem	PE-Cy5

Les exemples d'utilisation pour le simple, double ou triple marquage:

	Thivierge et al. J of Allergy & Clin Immunol 2006; 117: 1155
	FITC/ PE/ QR Wen et al. J of Gen. Virol. 2006; 87: 61
	FITC/ PE/ PerCP Groh et al. Nature 2002; 6908: 734
	FITC/ PE/ SPRD Pello et al. Blood 2006; 108: 3928